او پس از آنکه یادگار امام از میزان اعتماد امام به او و فداکاری هایش در راه امام برای آیت الله یزدی گفت، بار دیگر دعوت به خدمت شد، اما این بار در سازمان زندان ها و اقدامات تأمینی و تربیتی کشور تا خصلت دیگر او نیز بار دیگر رخ نماید. تلاش او برای بازگشت خطاکاران و هدایت آنها با توجه به شناخت بالای او از تفکرات انحرافی.
لاجوردی اما پس از پایان این دوران نیز همچنان مورد غضب منافقین جدید و قدیمی بود که بدون هیچ ملاحظه ای دست به افشای چهره آنها می زد و از همین جهت نیز تمام منافقین همچنان از او در هراس بودند. رهبر انقلاب درباره او فرمودند: "ایشان از اول انقلاب تا همین شهادتشان همیشه در صراط مستقیم حرکت کرد و ذره ای از طریق مستقیم و خط صحیح انحراف پیدا نکرد. ایشان کار را برای خدا می کرد اهل تظاهر و اهل نشان دادن نبود. کار را برای خدا قبول می کرد و برای خدا انجام می داد برای همین بود که هیچ ملاحظه ای نمی کرد. بعضی ها در کار ممکن است ملاحظه وجهه را بکنند ملاحظه شان و آبرو را بکنند بعضی ها هستند که این ملاحظه را نمی کنند و شهید عزیز ما شهید لاجوردی از این قبیل بود."
لاجوردی در وصیت نامه اش نیز اینگونه عمل نمود؛ بدون هیچ ملاحظه ای به افشای چهره منافقین خلق و منافقین انقلاب پرداخت و چنان آنها را به خشم آورد که مخاطبان وصیت نامه اش خیلی زود او را به "دشمن شناسی وارونه" متهم نمودند. این وصیت نامه که توسط امام جمعه وقت تهران درخور توجه و دقت شدید دانسته شده بود، اینک پیش روی شماست:
بسم الله الرحمن الرحيم
"اشهدُ ان لا اله الا الله و اشهدُ ان محمدً رسول الله و ان علياً ولي الله وصي رسول الله و الائمة حادي عشر من بعد علي ٍ عليه السلام ائمة المسلمين "
بار الها! با تمام وجود مي گويم : "کَم مِن ثناء ٍ جميل ٍ لَستُ اهلاً لَهُ نَشَرتَه".
خداوندا! عمري را -که بهترين نعمت بوده- از دست داده ام، در حالي که مي توانست در راه تو و خدمت به انسانهاي مظلوم و مستضعف به کار گرفته شود؛ عمري که مي توانست تا حدودي در جهت از بين بردن ارزشهاي منفي و ايجاد و احياي ارزشهاي الهي- انساني مثمر ثمر افتد؛ عمري که مي توانست در راه تحقق هدفهاي مقدس اسلام و اعتلاي کلمة التوحيد و تکامل صاحبش سپري گردد؛ عمري که مي توانست از کميتش بکاهد و بر کيفيتش بيفزايد و همگام با شهداي خداجوي، جوياي راه وصول به تو باشد؛ عمري که با کميت نسبتاً زياد، کوچکترين توشه اي بر نگرفته. لذا همين جاست که تمامي اميدش را و تمامي رجايش را، به عفو تو و به اغماض تو و بزرگواري تو و رحمت و فضل تو بسته است. خدايا! باز هم اميد و باز هم اميد به فضلت! "اللهم اغفر لي الذنوب التي تَهتِکُ العِصَم".
خدايا! خوب مي داني آنچه را هم اکنون به قلم مي آورم، مدتهاي مديدي است در درونم مي گذرد و بر سر چند راهه هاي حيرت ِ ندانم چيست؟ چه بايد کرد؟ امور به کجا مي انجامد؟ چگونه است که با نام اسلام و در ذي اسلاميت شعارهاي مردم فريب ِ خالي محتوا، رواج پيدا مي کند و آنها که مسئوليت جلوگيري از انحراف افکار را دارند، ساکت مي نشينند! و سهل است، بعضاً تاييد هم مي کنند و هزاران سؤال، که هر کدام راهي را ايجاب و خطي را ترسيم مي کند، قرار گرفته ام. اما خوشبختانه چون مقلد امام عزيز هستم، راه سعادت برايم روشن است و از خدا مي خواهم اگر عمري بود، توفيق عمل بدان را پيدا کنم.
خدايا! با تمام وجودم به اين انقلاب عشق مي ورزم و به همان مقدار که دوستدار انقلابيونم، نسبت به حاميان ضد انقلاب نفرت دارم و با همه اينها، اين مسئله را بخوبي دريافته ام که هر کس به نفع دشمنان انقلاب و به خيال واهي و بي اساس، رضايت ِ به اصطلاح مردم و به خيال خام و پوچ، پايگاه به اصطلاح ملي پيدا کردن، موضعگيري کند، مصداق فرموده گرانقدر معصوم(ع) است که : "مَن طَلَبَ رضي الناس بِسَخَطِ الله، فَجَعَلُ الله حامده من الناس ذاماً".
خدايا! تو شاهدي به همان اندازه -بلکه صد چندان- که به امام ِ قاطع و سازش ناپذيرم عشق مي ورزم، نسبت به سازشکاران و مدافعان عملي ضد انقلاب (اگر در لفظ و اعتقاد هم مخالف باشند) نفرت دارم. بيم آن دارم حوادث مشروطه مجدداً تکرار شود و يا ايران اسلامي به سرنوشت الجزاير دچار شود. خداوندا! از تو مصرانه مي خواهم دست و قدم، زبان و قلم ِ همه کساني را که در جهت رهانيدن ضد انقلابيون و مرتدين و محاربين از چنگال عدالت، اعمال قدرت و نفوذ کرده اند و همه کساني که پذيراي اين ننگ شده اند (تا چند روزي به کام ِ وهم و خيال رسند)، براي هميشه از سونوشت اين مردم شهيد پرور و شاهد قطع فرمايي.
خدايا! چون عاشق نظام بوده ام، از آن ترس داشتم که افشاي چهره سازشکاران، لطمه اي ناچيز به نظام وارد آرد، به آنها توصيه مي کنم که جداي از لفاظي و بازارگرمي هاي صنفي، به قيامت و حسابرسي هاي دقيق آن روز باور پيدا کنند و مواظب باشند که از آن دسته اي نباشند که قرآن درباره شان فرموده : "لِمَ تقولونَ ما لا تفعلون. کَبُرَ مَقْتاً عند الله انْ تقولوا ما لا تفعلون ".
وصيتم به صاحبان قدرت و نفوذ اين است که اگر حرکتاشان را دوست مي دارند، به جاي شعارهاي مردم فريب و سياستمدارانه، توصيه هايي را که تلفني و شفاهي در جهت استخلاص ضد انقلاب و مَلَأ و مترفين و حرامخواران و حرام اندوزان اعمال مي دارند، با شهامت و رشادت، براي مردم بازگو کنند و از هر نوع توجيه و ماستمالي کردنهاي حفظ سمت و استمرار موقعيت صدارت! بپرهيزند که خودفريبي و مردم فريبي بالاخره به پايان رسد و سر و کار با خير الماکرين افتد و باز توصيه ام به سردمداران اين است که به خدا توکل کنند و قاطعيت و سازش ناپذيري را از امام ِ مردم بياموزند و شعار نه شرقي و نه غربي را که خواست و حق مردم است و علت موجده اين انقلاب بوده، فراموش نکنند و مبادا که گذشت روزها و فرو افتادن، طبيعي شود و انقلاب و مهمتر از همه سختيهاي حرکت و فشارهاي بين المللي موجب شود تعادلي را که شعار فوق ايجاب مي کرده و بحمد الله تا حدودي ايجاد گرديده، به هم زنند و بدانند که قدرت مطلق از آن خداست و صرفاً تکيه بر اوست که از هر قدرتي، انسان را و جامعه را بي نياز مي کند و باز اين که بدانند که اگر دچار حسابگريهاي سياسي جداي از توکل شوند و بر ذهنيتهاي شکل گرفته، رضايت خدا و مردم مسلمان را ملاک قرار ندهند، گور خود و انقلاب را کنده و براي مردم، گورستاني بي نام و نشان در پهنه تاريخ ايجاد کرده اند و يادشان باشد که علت موجده، علت مُبْقيه نيز هست و فراموش نکنند که سيادت و موقعيتهاي اجتماعي آنان، اهدايي انقلاب اسلامي است و جداي از انقلاب، فردي از چهل ميليون افراد ديگر قبل از انقلاب خواهند بود.
خدايا! تو شاهدي چندين بار به عناوين مختلف، خطر منافقين انقلاب را (همانان که التقاط، به گونه منافقين خلق سراسر وجودشان را و همه ذهن و باورشان را پر کرده و همانان که رياکارانه براي رسيدن به مقصودشان، دستمال ابريشمي بسيار بزرگ -به بزرگي مجمع الاضداد- به دست گرفته اند، هم رجايي و باهنر را مي کُشند و هم به سوگاشان مي نشينند، هم با منافقين خلق، پيوند تشکيلاتي و سپس...! برقرار مي کنند، هم آنان را دستگير مي کنند و هم براي آزادياشان و اعطاي مقام و مسئوليت بدانان تلاش مي کنند و از افشاي ماهيت کثيف آنان سخت بيمناک مي شوند، هم در مبارزه عليه آنان و در حقيقت براي جلب رضايت مسئولين و نجات بنيادي آنان خود را در صف منافق کُشان مي زنند و هم در حوزه هاي علميه به فقه و فقاهت روي مي آورند تا مسير فقه را عوض کنند)، به مسئولين گوشزد کرده ام ولي نمي دانم چرا؟ (گرچه نسبت به بعضي، تا اندازه اي مي دانم چرا!) ترتيب اثر نداده اند.
به مسئولين بارها گفته ام که خطر اينان بهمراتب زيادتر از خطر منافقين خلق است، چرا که علاوه بر همه شيوه هاي منافقانهي منافقين، سالوسانه در صف حزب اللهيان قرار گرفته و کم کم آنان را در صفوف آخرين و سپس به صف قاعدين و بازنشستگان سوقشان داده و صفوف مقدم را غاصبانه به تصرف خود در آورده اند، به گونه اي که عملاً عقل و اراده منفصل برخي تصميم گيرندگان قرار گرفتند و در عزل و نصبها و حفظ و ابقاها دست به تخريب مي زنند و اعمال قدرت مي کنند.
اينها همه پوچ است و بي اهميت! مهم و بسيار مهم اين است که هدف غايي از همه اين تلاشها، گسترش فکر التقاطي و انحرافي سازمان ضد خدايياشان است که جز انديشه هاي ماديگرايانه و ماترياليستي، چيز ديگري نيست و با بهره گيري از تجربيات مثبت و منفي همپالگيهاي چپ و منافقاشان توانسته اند متأسفانه به نسبت بسيار زيادي (زيادتر از توفيق منافقان خلق در سالهاي 51 تا 54، تعداد کثيري از روحانيون را تحت تأثير قرار دهند و با لطايف الحِيَل، بر ذهن و روان آنان اثرات دلخواهاشان را بگذارند تا بدانجا که بر اعمال جنايتکارانه آنان با ديده اغماض بنگرند و حتي در مواردي نظير به شهادت رساندن باهنر و رجايي، به دست روي دست ماليدنهاي مسامحه کارانه و مصلحت انديشيهاي پشيماني آورنده متوسل شوند. باز مهمتر از همه اينکه با کمال تأسف، توانسته اند تعداد فراواني از جوانان مسلمان را جذب کرده، منحرف نمايند.
هان اي خانواده عزيزم! بههوش باشيد مبادا که فريب تأييد و تکريمهاي رياکارانه اين منافقان جدا از دين را بخوريد. چه بسا با ظاهري چاکرانه و دلسوزانه به سراغاتان بيايند و خود را چنان حزب اللهي جا بزنند که سلمانها و ابوذرها را جرأت لحظه اي هم لباسي و همشکلي با آنان نباشد!
فرزندانم! اگر گاهي بر شما سخت مي گرفته ام و اين در حالي بوده که برايم امکان فراهم آوردن رفاه بيشتر بوده، از آن جهت بوده است که اعتقادي استوار به کريمه "ان مع العُسر يُسراً" داشته ام و اگر مي توانستم شما را و خانواده را بيشتر از آنچه تحمل کرديد، قانع کنم، بهطور قطع چنان مي کردم و يقين داشتم که در تکوين شخصيت سالم و رشد يابنده شما مؤثرتر و کارسازتر بود.
به هر صورت، پدرتان که از همه چيز جز انقلاب و اسلام بيشتر دوستاتان مي دارد، خير و صلاح شما را در رفاه نمي دانسته و نمي داند و اميد دارد در زندگي، رفاه جويي و عافيت طلبي را آگاهانه به دور اندازيد و با عزمي آهنين در کام مشکلات رويد و توقع نداشته باشيد ديگران براي حل مشکلاتاتان اقدامي ولو ناچيز کنند. به جاي چنين انتظاري در حل مشکلات مردم کوشا باشيد و از سختيها نهراسيد و به گونه اي عمل کنيد که هر مصيبتي و هر مشکلي هر قدر عظيم، در پيش اراده و عزم شما سر تسليم فرود آورد و به جاي اينکه بر شما چيره شود و شما را دست و پا بسته بر زمين افکند، بر امواج بهظاهر سهمگينش سوار شويد و مهارش را به دست گيريد و بدان سو هدايتش کنيد که مي خواهيد و اجازه ندهيد که بر شما مسلط شود و تعادل شما را بربايد.
خانواده عزيز و مهربانم! درست است آنگونه که شايسته مقام والاي انساني شما بود، به خدمتاتان کمر نبستم و در اين راه، تقصير ها و قصورهاي فراوان داشتم، اما درست تر آن است که بر من ببخشاييد و اجازه ندهيد که در پيشگاه خداوند در روز تُبْلَي السرائر و در انظار خلايق، شرمنده و سر افکنده پيش رويتان قرار گيرم.
والسلام عليکم و رحمت الله و برکاته
با تفکرات الحادی ازبارزترین این ویژگی ها بود. سید، سالها در دورانی که استکبار تلاش می کرد از طریق گروهک ها انقلاب را به بحران بکشاند، سکاندار دادستانی انقلاب اسلامی مرکز بود و با شناختی که از آنها در دوران مبارزه داشت، با گروهک هایی همچون فرقان، منافقین خلق، باند مهدی هاشمی و... مقابله نمود و در نهایت به دلیل فشار منتظری بر شورای عالی قضایی از سمت خود عزل گردید. 
